Deteksi Penyakit WSSV (White Spot Syndrome Virus) pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) dengan Metode PCR Konvensional dan Real Time PCR (qPCR) Menggunakan Hydrolisis Probe

Abstract

Diagnosa WSSV yang menyerang udang vannamei dapat dilakukan secara dini menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) baik secara konvensional maupun real time PCR (qPCR), sehingga dapat diambil tindakan pencegahan khususnya pada benur udang yang akan ditebar. Kedua metode tersebut mampu mendeteksi virus melalui keberadaan DNA virus namun memiliki efektivitas yang berbeda, namun belum diketahui sejauh mana efektivitas kedua metode tersebut mampu mendeteksi virus khususnya penyebab WSSV. Tujuan penelitian adalah mengetahui efektivitas metode PCR konvensional dan Metode real time PCR (qPCR) menggunakan hydrolisis probe mendeteksi penyakit pada udang Vannamei (Litopnaeus vannamei).

Metode penelitian menggunakan metode eksperimen bersifat kualitatif dilaksanakan di Laboratorium Biomolekuler di Balai Uji Standar Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM). Sampel udang vannamei diambil dari tambak udang di Kecamatan Blanakan Subang Jawa Barat yang terdiri atas masing-masing 6 ekor udang berumur 20 hari atau udang yang belum mengalami gejala klinis dan udang berumur 45 atau udang yang sudah mengalami gejala klinis, kemudian dilakukan ekstraksi DNA sampel udang. DNA udang diamplifikasi menggunakan metode konvensional PCR dan real time PCR. Data hasil amplifikasi dianalisis menggunakan metode deskriptif komparatif yaitu metode pembahasan yang memaparkan atau menggambarkan kegiatan yang dilakukan serta membandingkan dengan literatur. Analisis data sesuai dengan software real-time PCR yang digunakan.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode konvensional PCR memberikan hasil negatif pada sampel udang berumur 20 hari dan positif pada udang berumur 45 hari sedangkan metode real time PCR memberikan hasil positif pada sampel udang berumur 20 hari dan 45 hari, sehingga dapat disimpulkan bahwa metode real time PCR (qPCR) lebih efektif mendeteksi penyakit WSSV pada udang vannamei dibandingkan metode PCR konvensional.

Kata kunci:  udang vannamei, penyakit WSSV, PCR konvensional, real time PCR